明初已形成街市，即称岔庙。
清代中期，街西头又有吴姓地主兴集，称吴集。
清末，岔庙、吴集合称岔庙街。
清代即建有岔庙镇。
民国初岔庙镇属金岔市，民国18年（1929）属第四区，民国23年后属第三区。
涟水县抗日民主政府于民国31年8月建岔庙区，1956年2月撤销，分属高沟、灰墩、王集三区。
1957年12月，撤区并乡时由洪滨、岔庙乡和惠民、金圩乡的部分组成岔庙乡。
1958年9月，成立岔庙公社。
1967年改名为红星公社，1981年10月恢复岔庙公社。
1983年6月改称岔庙乡。
2000年撤乡建镇，与河网乡合并为岔庙镇。
2002年，原河网乡从岔庙镇划出。
2001年实行并村联组，2013年大兴村划归高沟镇，现全镇有1个居委会，16个村，91个村民小组，有11403户。