宋代建镇，明隆庆年间称吕城镇，为县内六镇之一。
1929年，为第三区吕城镇。
1934年，为吕城区吕城镇。
1948年，为吕城镇。
1949年，为吕城区吕城乡。
1958年，与运河乡合并，设吕城人民公社。
1962年，析出运河人民公社。
1983年，复为吕城乡。
1985年，撤乡，改置吕城镇。
2005年，运河镇（1951年，设运河乡；1956年，河西乡并入；1958年，并入吕城人民公社；1962年，析出，成立运河人民公社；1983年，复为吕城乡；1990年，撤乡设镇）并入吕城镇。