港南村境在新中国建立初期分属白宕乡与碧溪乡。
1958年属碧溪人民公社第九、十一、十二、十九、二十大队。
1980年第九大队以境内西周市东街，更名为东街大队；第十一大队以境内白宕桥，更名为白宕大队；第十二大队以境内殷家弄，更名为殷弄大队；第十九大队以境内熊家泾，更名为熊家泾大队；第二十大队以境内陈家坝，更名为陈家坝大队。
1983年分别改为村。
1999年东街村并入熊家泾村，白宕村与殷弄村合并为港南村。
2003年港南村与熊家泾村、陈家坝村合并为港南村。