民国二十五年（1936）属钟祥县第三区（石牌）滨汉乡管辖，民国三十年（1941）、民国三十五年（1946）属钟祥县石牌镇管辖；解放后，1950年属钟祥县第六区（石牌）王龙乡管辖，下设生产互助组、初级社；1956年取名联兴社；1958年撤销区制，成立人民公社，改称石牌人民公社王龙管理区联丰大队；1961年撤社建区，改称石牌区王龙人民公社瑞丰大队；1975年撤区并社，改称石牌人民公社王龙管理区瑞丰大队；1980年以村域内马祠得名马祠大队；1984年地名普查后命名马祠村村民委员会；1987年撤区建乡（镇），改称石牌镇马祠村村民委员会沿用。