清朝康熙年间属花米村。
清同治五年属王二保，归西乡管辖。
民国期间属大峡乡第五保。
1948年称花园村，1951年推行土改，称花园乡，1955年推行合作化，称花果农业合作社，属鲍峡区管辖。
1958年人民公社化，改名为花园大队，属红旗人民公社管辖。
1961年，花园大队属鲍峡区管辖。
1975年撤区并社，花园大队属鲍峡人民公社管辖。
1981年，更名为小花果大队，属鲍峡人民公社管辖。
1984年撤社并区，撤队改村，为小花果村，属鲍峡区姚家乡管辖。
1987年撤区建乡（镇），小花果村属鲍峡镇小花果管理区管辖。
2001年行政体制改革，小花果村属鲍峡镇管辖至今。