1949年民主建政后，设立木瓜园行政村，负责人称村长；1958年实行人民公社建制，实行生产资料分别归公社、生产大队、生产队三级组织所有的体制；设立红旗生产大队管理委员会，简称红旗生产大队、红旗大队，负责人称大队长；1959年5月，以驻地命名，更名为木瓜园产大队管理委员会；1966年5月，我国“文化大革命”开始，更名为红旗生产大队革命委员会，负责人称主任；从1978年11月党的十一届三中全会开始，对我国“文化大革命”的错误进行拨乱反正；1980年，复名红旗生产大队管理委员会。
1984年5月，实行农村体制改革，撤社并区建乡，政社分开，撤销红旗生产大队管理委员会，选举产生木瓜园村民委员会，简称木瓜园村委会，负责人称主任；2001年小村并大村，属原建制村；辖6个村民小组。