清代，马洞村地片属兑宫马洞图，飞坳、团仑两地片属兑宫伏龙图，民国属南乡第四、第五保，1950年后属南区中塅乡和飞坳乡，1954年属中塅乡，1958年同属九岭人民公社马洞、飞坳大队，1962年属九岭区中塅人民公社马洞、飞坳大队，1975年同属新生公社马洞、飞坳大队，1984年同属九岭区中塅乡马洞、飞坳、团仑村，1987年属九岭乡马洞、飞坳、团仑村，2001年九岭乡、潭下乡、石溪乡、马港镇合并为马港镇，属马洞、飞坳、团仑村，2002年马洞、飞坳、团仑三村合并为马洞村，属马港镇至今。