明末清初，万福店镇境域属唐县镇州判分辖。
清乾隆年间，属里堂。
民国期间，为万福乡。
中华人民共和国成立后，为万福店小区；后更名为万福店管理区，属唐县镇。
1958年2月，时为襄阳专署各直属单位、随县、丹江水利工程处、武汉军区等单位下放的1027名千部到万福店垦荒。
建场后经三次扩场，1964年3月，更名为湖北省国营万福店农场。
1997年，移交随州市管理。
2000年，下放曾都区管理。
2005年，设立曾都区万福店办事处，保留农场建制。
2007年，设立万福店镇。
2009年，由曾都区划归新设立的随县管辖。