五棵树村由原来的五棵树村、叶家大塆村合并而成。
原五棵树村，1956年为宋埠区大塘角乡泉源六社，1961年为宋埠区大塘角公社六大队，1975年为宋埠区大塘角公社六大队，1984年为歧亭镇五棵树村，2015年底歧亭镇行政区划调整，与叶家大塆村合并为五棵树村至今。
原叶家大塆村1956年为宋埠区大塘角乡西峰社、泉源七社，1961年为宋埠区大塘角公社七大队，1975年为宋埠区大塘角公社七大队，1984年为叶家大塆村，2015年底歧亭镇行政区划调整，与五棵树村合并为五棵树村至今。