明清时属散毛土司管辖。
清乾隆元年（1736），来凤建县后属体乾乡贞肃里。
民国时期，先后属一区、贞肃乡、三胡乡。
1950年，改保甲制为村、组，成立三胡区。
1952年，区村行政区划调整，村易名为乡，三胡区辖22乡，苗寨沟属猴栗乡。
1958年成立人民公社，政社合一，属苗中大队。
1961年，恢复区制，属苗中大队。
1975年，撤区并社时仍属苗中大队。
1984年6月设区建乡苗中大队一分为二，成立苗寨沟村和猴栗堡村，苗寨沟村民委员会成立，至2015年村名不变。