宋仁宗至清前期土司制度时期设卯洞安抚司、百户司。
清朝雍正十三年（1735年）改土归流时，废卯洞司设仁育里，废百户司设勇敬里。
1914年始设区乡，百福司为四区；1933年编组保甲，百福司仍属四区，区公所设在百福司，辖5乡、1镇、50保；1936年属新三区；1941年，撤销区署，仍保留百户司区署。
百户司镇辖智乐、仁育、勇敬3乡。
1943年，仁育改为安抚乡，勇敬改为卯洞乡。
1946年，重新划分各区乡镇之区划，整编保甲，设卯洞乡，乡公所设在百福司；设安抚司乡，乡公所设在安抚司街上。
1947年，百户司区署撤销，实行保甲制度直到解放。
1949年11月来凤解放时仍沿袭旧制，1949年12月，建立来凤县人民政府，改保甲制为村组建制，设卯洞区。
1958年人民公社化时期，卯洞区和漫水区合并为卯洞公社。
1984年6月2日，设区建乡，卯洞公社又划分成百福司镇和漫水区，至此百福司镇成立至今未变更。