清雍正末年，鲜姓等氏先民为避水灾，从宜昌的宜都先到巴东兔儿坪，后辗转迁来此地，见此地有一溪沟，下雨有水，平常无水，便将此地称为干沟。
民国七年（1918）属礼字区；民国三十八年（1949）属高店子乡；1950年废除保甲制，属高坪区管辖，命名为干沟村；1958年人民公社化时，属高龙公社管辖，更名为光明大队；1961年恢复区建制，属高坪区管辖，仍名为光明大队；1975年撤区并社，属高坪公社管辖，仍名为光明大队；1984年撤社建区乡，属高坪区管辖，将光明大队更名为干沟村；1996年撤区建乡，属高坪乡管辖，仍名为干沟村；1997年调整建制，属高坪镇管辖，名为干沟村村民委员会至今。