1952年至1959年，属民主乡；1959年至1964年，为民主大队；1964年至1967年，更名为花山吴大队；1967年，恢复原名民主大队；1980年，第一次地名普查更大队名为花山吴大队，属五里界公社；1983年，改名为花山吴村，属五里界乡。
1987年，属五里界镇；2006年1月，花山吴村托管至武汉江夏经济开发区庙山办事处至今。
花山吴村原有自然村18个，2012年征地拆迁，将6个自然村拆迁，现余下12个自然村。