原东余店村：明朝嘉靖年间属仁义乡；清朝康熙年间属惠育乡；民国时期属大中乡；1949年属京桥区；1956年为四合社，属广水区东余店乡；1958年成立人民公社，为四合大队，属东风公社东余店管理区；1959年为四合大队，属广水公社东余店管理区；1961年恢复区（镇）建制，为四合大队，1970年改为四新大队，属杨寨区东余店公社；1975年撤区并社，为四新大队，属杨寨公社；1980年更名为东余店大队，属杨寨公社东余店管理区；1983年设区建乡，原东余店大队分为余店村和湖嘴村，为余店村，属杨寨区东余店乡；1987年撤区并乡，为东余店村，属杨寨镇。
原湖嘴村：1983年设区建乡，原东余店大队分为余店村和湖嘴村，为湖嘴村，属杨寨区东余店乡；1987年撤区并乡，为湖嘴村，属杨寨镇。
2004年撤村并村，东余店村与湖嘴村合并为余店村，属杨寨镇至今。