清乾隆年间，有金、徐、敖、周、陈、吴六大姓因经商从外地来朱砂溪安家落业。
清朝晚期属恩施县市廓里五甲。
民国初袭里甲制，民国十六年（1927）属恩施县第三区朱砂联保第十三保；民国二十五年（1936）属第三南乡区（芭蕉）朱砂溪乡第十三保；民国二十九年（1940）撤区建乡，属朱砂溪乡第十三保。
1950年属芭蕉区朱砂乡；1953年属五区（芭蕉区）朱砂乡。
1958年属芭蕉人民公社硃砂管理区，下辖朱砂大队（朱砂溪）、新华大队（寒婆岭）、胜利大队（剩口河）；1961年属芭蕉区红岩公社，下辖朱砂大队（朱砂溪）、新华大队（寒婆岭）、胜利大队（剩口河）；1966年属芭蕉区红岩公社，下辖朱砂、新华、胜利、红山4个大队；1968年属芭蕉区革命委员会红岩公社革命委员会，下辖新民、新春、黎明、红旗、新华、胜利6个生产大队；1975年裁区并社，属芭蕉公社瓦屋管理区，下辖新民、新春、黎明、红旗、新华、胜利6个生产大队；1981年属芭蕉公社瓦屋管理区，下辖朱砂溪、寒婆岭、剩口河、小红岩、槽狹沟、仙人桥6个生产大队。
1984年属芭蕉区朱砂溪乡，下辖朱砂溪村、寒婆岭村、剩口河村、小红岩村、槽狹沟村、仙人桥6个村。
1997年撤区建乡，为高拱桥管理区，属芭蕉乡，下辖苏家寨、青岗树、高拱桥、浪坝、寒婆岭、朱砂溪、胜口河7个村；2001年为朱砂溪办事处，属芭蕉侗族乡，下辖朱砂溪、寒婆岭、剩口河、小红岩、槽狹沟5个村。
2002年撤管理区设大村，将朱砂溪、寒婆岭、剩口河三个小村合并为朱砂溪村，下辖肖家坪、九拐子、小溪源、李家坝、东挂片、北坡、张家坝、龙家河、东流水、小龙神坳、泡桐树、山岳洼12个村民小组。