该地明清时曾属安平上乡清化里；民国时期曾属蕲广边县委领导的红色革命区，其县委办公点设在邱山村竹林塆；1951年属城关区雨台乡；1956年为黄土岭指导区菩堤一新五、六社；1959年为蕲州公社菩堤五大队；1961年为赤东区菩堤公社五大队；1975年撤区并社，更名为邱山大队，属赤东公社；1984年2月设区建乡，更名为邱山村，属赤东区菩堤乡；1987年9月撤区并乡，属黄土岭乡；2001年2月行政区划调整，属蕲州镇至今。