由原巴山村、长滩村、金竹山村、水井河村合并而来。
明末清初属土司管辖；清雍正十三年（1735）后属安德乡管辖；嘉庆二十五年（1820）后属北乡管辖；民国三十四年（1945）属马水乡巴山保；1950年称为四区马水乡巴山保；1951年至1953年属七区（资丘）巴山乡；1955年属都镇湾区巴山乡；1958年公社化时，称资丘公社巴山大队和都镇湾公社长滩、水井河、金竹山大队；1961年恢复区镇建制，属于资丘区巴山大队和都镇湾区长滩、水井河、金竹坪大队；1975年撤区并社，属资丘公社巴山大队和鸭子口公社长滩、水井河、金竹山大队；1984年设区建乡，上述4个大队均改为村，同属都镇湾区马连乡；1987年区乡体制改革，同属鸭子口乡；2002年上述4个村合并为鸭子口乡巴山村至今。