原属海伦府管辖。
清宣统二年（1910）,出放街基,称莲花镇。
中华人民共和国成立后,1916年9月,划归望奎设治局管辖。
1921年望奎县设置莲花镇区。
东北沦陷后,分设莲花、镶黄、信敏3个村。
1945年“九三”抗日战争胜利后,设置莲花区,1951年4月，改为第九区。
1956年4月,并村划乡,设置莲花乡。
1958年9月,成立莲花人民公社。
1962年7月,将东部地区划出,成立东升公社。
1984年4月,将莲花公社改设莲花镇，一直沿用至今。