1930年已形成聚落。
东北沦陷后，属铁骊县管辖。
1939年4月，设神树村。
1943年7月，属庆安县。
1946年恢复铁骊县，设立神树区。
1951年9月，改称铁骊县第三区。
1955年5月，又改为神树区。
1956年全县并村划乡，神树为14个乡之一。
同年11月，属铁力县。
1958年3月，将圣浪乡并入神树乡。
同年9月，改神树公社，隶属庆安县。
1962年10月铁力恢复县制，神树公社重归铁力县管辖。
1964年，将神树公社改为神树镇公社。
1965年又恢复为神树公社。
1977年1月，神树公社改为神树镇。
1988年，属铁力市。
2001年3月，神树镇并入桃山镇。
2018年5月恢复神树镇。
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