清嘉庆二十五年（1820）吉林将军富俊调盛京（今沈阳），带移民来双城设一百二十个旗营子，有176名正丁（户）来这里建起了正红旗5个屯，镶红旗5个屯。
从此，这176户800余人便在这块土地上繁衍生息。
1945年哈尔滨解放后，属松江省双城县周家区和五家区。
1953年12月25日，划归哈尔滨市王岗区。
1956年建乡，为哈尔滨市王岗区平等乡。
1958年成立人民公社，属哈尔滨市南岗奋斗人民公社王岗分社。
1962年从王岗分社划出，建平等人民公社，属哈尔滨市滨江区。
1967年成立红旗人民公社。
1972年划归哈尔滨市南岗区。
1983年12月，撤销公社，设立乡建制，为南岗区红旗乡。
1989年更名设立红旗满族乡，沿用至今。