卧牛吐屯，形成于清顺治年间（1644-1661）。
原称“鄂诺克图”，后音译作“卧牛兔”、“鄂勒图”“卧牛图”等，隶属齐齐哈尔副都统管辖。
清末，先后隶属黑水厅和龙江府管辖。
中华人民共和国时期，隶属龙江县第三区管辖。
东北沦陷后，初为卧牛吐乡保，后改为卧牛吐村。
1945年“九三＂抗日战争胜利后。
1946年6月龙江县设置卧牛吐区。
1948年3月并人第八区。
1952年10月，贯彻民族区域自治政策，设置达斡尔民族自治区。
1954年10月，划归齐齐哈尔市管辖。
1956年5月，设置卧牛吐达斡尔族乡。
1958年12月，划归建华人民公社，改称卧牛吐管理区。
1961年8月，改称卧牛吐农业分社。
1965年改为卧牛吐人民公社。
1984年3月，改为卧牛吐达斡尔族乡。
1989年4月，改设卧牛吐镇。
名称沿用至今。