清乾隆元年（1736）在大堡和水师中间建屯故名腰堡，1935年日伪在蒙古图设保公署（乡级），1939年实行“街村”制，治所迁至腰堡改为腰堡村公所（乡级）。
解放后隶属方台、双井区、九区。
1956年3月根据省关于“并村划乡”指示，建立腰堡乡。
1959年3月人民公社化时以腰堡为界，以西划为呼兰镇公社，以东划为西沈公社，1961年5月成立腰堡人民公社。
1984年4月撤销公社实行乡（镇）建制改为腰堡乡，1995年7月撤乡设立腰堡镇。
2001年8月乡镇区划调整时划归呼兰镇。
2004年2月呼兰县撤县设区，同年12月将呼兰镇划分为4个街道，设立腰堡街道至今。