清康熙二十二年（1683），清政府在黑龙江左岸，设镇守黑龙江等处将军，驻兵建城，称黑龙江城，又称旧瑷珲。
清康熙二十四年（1685），黑龙江将军移驻黑龙江右岸，驻兵兼程，称新瑷珲。
清宣统元年（1909年），设置瑷晖兵备道和瑷珲直隶厅，暖挥城为道暑和厅署驻地。
1912年，瑷珲兵备道迁往黑河镇，改为黑河道。
1913年3月，将瑷珲直隶厅改为暖珲县。
1925年，改为第一区。
1936年，设瑷珲保。
1944年1月，改为瑷珲村。
1945年，设置瑷珲区。
1951年，改为第三区。
1956年4月，撤区划乡，设瑷珲乡。
1956年9月，对生僻字地名进行简化时，经黑龙江省人民政府批准将“瑷珲”两字改为同音“爱辉”。
改设爱辉公社。
1983年7月，成立爱辉镇。
2015年4月9日，复称瑷珲镇。
名称沿用至今。