清代末年，属东乡。
1953年7月，建南屯镇。
1958年，建光明公社。
1961年，析出，建南屯公社。
1984年，复为南屯乡。
2013年12月，改置南屯镇。
截至2011年末，南屯镇辖南屯、杜村、宋家庄、大炉沟、小炉沟、亚家庄、马圈、张家庄、黑山、胡家庄、金家庄、上沟、曹家庄、朱家庄、湖海15个村民委员会。
截至2020年6月，南屯镇辖15个行政村，镇人民政府驻南屯村。
2021年，将南屯镇所辖的杜村1个村民委员会划归泉坊镇管辖。