深州镇原名吴家庄，明永乐十年（1412）深州迁至于此，后一直为深州治所；1913年降为深县县治；1949年为第十区驻地；1950年为二区驻地；1953年建城关乡；1956年撤乡，6个乡除杜家庄乡保留外，其余并为城关乡；1958年成立卫星人民公社，同年改为城关人民公社；1960年5月成立县城人民公社；1961年2月，县城人民公社与城关人民公社并为城关人民公社，4月建城关工委；1963年2月撤销工委；1964年设立城关镇；1987年10月城关镇更名深州镇；1996年穆家左乡并入至今。