吕公堡建村于唐朝，因村西北有吕公墓（传说为吕洞宾墓）而得名，[5-6]属河北道莫州长丰县。
后晋天福元年（936年），石敬瑭割幽云十六州给契丹，吕公堡属契丹。
后周显德六年（959年）柴荣收复。
北宋熙宁六年（1073年），省长丰县为镇并入任丘县，吕公堡属之。
清初设吕公堡镇。
清乾隆二十四年（1759年）为吕公堡社，辖27村。
民国二十八年（1939年）3月，中共任丘县抗日民主政府将任丘全县划为9个区，吕公堡公路以南为五区，公路以北为七区。
民国二十九年（1940年）8月，任河县成立，五区划归任河县。
1949年10月，任河县撤销，吕公堡属任丘十区管辖。
1953年5月，设立吕公堡乡，属任丘四区管辖；设立李花乡，属五区。
1958年，吕公堡乡与东方红人民公社实行政社合一体制。
1960年，改吕公堡乡为吕公堡人民公社。
1983年，撤销吕公堡人民公社，恢复吕公堡乡建制。
1985年，撤销吕公堡乡，设立吕公堡镇。
1986年3月，任丘撤县设市，吕公堡镇仍属任丘。