明代时期，黑土镇境域属朵你则溪。
清代时期，属太平里八甲。
民国初期，属南区。
民国三十三年（1932年），设黑土镇，属六区。
民国二十四年（1935年），属四区蒙梭联保八保。
民国三十三年（1944年），属岭南乡。
1950年1月，属五区；同年6月，属八区。
1952年2月，设乡，属十二区。
1958年9月，成立设公社。
1959年1月，改为管理区。
1961年8月，恢复为公社。
1967年12月，成立革命委员会。
1992年1月，为黑土乡。
2016年，撤销黑土乡，设置黑土镇。