1941年至1950年涌溪乡设三保芽溪，1950年6月改保为村。
1953年4月，芽溪从涌溪乡划出，建立芽溪乡公所。
辖芽溪、田坝、鼓楼坪3个村。
1958年改为芽溪生产大队，隶属芽溪公区。
1961年1月，撤销芽溪工区，与涌溪工区合并为涌溪公社。
1963年，芽溪大队，田坝大队合并为芽溪大队。
1984年9月芽溪大队分为芽溪、田坝两村。
2004年12月芽溪、田坝、鼓楼溪三个村合并为芽溪村，至2017年未改变。