木耳村村民委员会，明万历二十九年（1601）后属三江里，清光绪三十一年（1905）后属西区，1928年属庙塘区（四区）。
解放前隶属教良乡，1952年建木耳乡，1956年与教良、茶台合并为大公社，1963年分社，名木耳公社。
1984年隶属庙塘区，改称为村。
1992年7月，将原庙塘区的教良、木耳、板房3个乡合并组建庙塘镇，木耳村隶属庙塘镇。
2003年小村合成大村时，由原花大坪村、中岗村、陶脚坝村三个小村合并，根据原木耳管理区的名称组成现木耳村。