明崇祯三年（1630年），流长乡属息烽守御千户所辖地。
清顺治十五年（1658年），属敷明卫息烽千户所。
清康熙二十六年（1687年），改园修文县仁和里。
民国三年（1914年），息烽建县属贵州黔中道，设东、南，西，北、中5区，区下设里，里下设甲，流长属北区。
民国十五年（1926年）秋，订各区名称，北区为六区，驻地流长。
辖4保。
民国二十年（1931年）秋，保改乡镇，六区辖流长镇、茶园乡、甘溪乡、草坝乡、翁伸乡、水尾乡等乡镇。
民国二十四年（1935年），撤乡建联保。
民国三十年（1941年）10月，实行新县制，撤区及联保，改编乡镇，流长乡为全县10乡镇之一，乡公所驻流长。
1949年11月17日，息烽县解放。
1950年1月7日，建九庄区，又称三区，流长乡属九庄区。
1951年2月，设黑神庙区，称四区，流长乡刘归黑神庙区。
7保改7行政村。
1952年4月，7行政村合并为5个。
1953年，行政村改乡镇，为流长、龙井，茶园，甘溪、新场5乡，属黑神庙区。
1957年4月，茶园，龙井乡并入流长乡。
1958年9月，全县乡镇合并建公社，实行政社合一，新场乡并入流长公社，下辖流长、新场两个管理区，仍属黑神庙区。
同年12月，实行一区一社，黑神庙区改称红旗公社，流长，新场为管理区。
1961年3月，全县恢复区公所建制，又划分为流长和新场公社。
1963年3月，全县将16公社分建为32个。
1965年7月，全县32公社合建为25个，流长，新场仍为公社属黑冲庙区。
1982年9月，新场公杜更名土城坝公社。
1984年3~4月，撤销公社，恢复乡建制。
1987年8月，土城坝乡复为新场乡。
1992年，全县撤区并乡建镇，原王家坪乡甘溪，龙塘2村以及新场乡全部划归流长乡。
2016年4月22日，撤销流长乡，设置流长镇。