解放前，属羊磴区署第六七区芭蕉乡管理。
1950年隶属十一区，驻地芭蕉。
1958年公社化后，一度分别为芭蕉、新坪两个管理区，黄溪村建黄沟溪大队。
1961年建芭蕉公社和新坪公社。
1965年将新坪公社并入芭蕉公社，黄溪村隶属芭蕉公社。
1984年调整体制，并区设乡镇，芭蕉公社改为芭蕉乡。
黄溪大队改为黄溪村，隶属于芭蕉乡。
1992年，桐梓县实行撤区并乡建镇，芭蕉乡和三穗乡部分村合并建立芭蕉乡，驻地芭蕉坝。
2003年，根据省、市要求，实施撤区合村并组，黄溪村维持原建置。
2016年芭蕉乡改为芭蕉镇，黄溪村属之。