1916年，属西区许家坝管辖。
1921年8月，属四区管辖，1950年2月1日，思南县人民政府成立，属五区管辖，1953年建“凉水清初级社”，1956年5月11日，将文家店、合朋溪两区合并为文家店区，属文家店区管辖。
1957年建“凉水清高级社”，1958年，为凉水清大队，属文家店公社管辖。
1963年，凉水清大队属合朋溪区的合朋公社管辖。
1984年社改乡，建立合朋乡、凉桥乡、场坪乡，凉水清村属合朋溪区的合朋溪乡管辖。
1992年2月，贵州省人民政府批准思南县进行“建镇并乡撤区”工作，同年10月，撤销合朋溪乡、凉桥乡、场坪乡，合并建立合朋溪镇，辖原三个乡镇的共14个行政村，凉水清村属合朋溪镇管辖。
2007年4月，县人民政府下达《关于撤小村并大村整合的批复》，合朋溪镇镇将原14个村合并为6个村，院子村未发生变化。
2010年11月16日，思南县人民政府批准调整全县行政区划，合朋溪镇镇调整设置为32个行政村，1个社区，凉水清村属合朋溪镇管辖。