明代时期，属木胯则溪。
清代时期，归义渐里。
民国四年（1915年），设区瓢井区为北二区。
民国十七年（1928年），为北四区。
民国三十一年（1942年），瓢井设区署，辖瓢井镇。
民国三十四年（1945年），撤区署。
1950年，改设区，瓢井镇属二区；同年7月，为十一区，区政府驻瓢井。
1953年4月，建瓢井乡。
1958年9月，瓢井乡改公社；同年11月，改管理区。
1961年10月，与中洞、果邦、居乐3管理区合并为瓢井公社管理委员会。
1967年12月，改瓢井公社革命委员会。
1984年，瓢井为乡级镇。
1991年12月，撤区并乡建瓢井镇。