先秦时期，黄屋屯镇属百越之地，秦始皇统一中国后，黄屋屯归属象郡所辖。
汉朝至晋朝，黄屋屯属交州合浦郡。
南朝末元嘉，设末寿郡，梁代设安州。
唐武德五年（622年），改宁越郡为钦州总管府。
元代，改为钦州路。
民国十九年（1930年），始设黄屋屯镇，属钦县。
民国三十年（1941年），黄屋屯镇改为黄屋屯乡。
1951年春，分设12个小乡（镇），仍属钦县。
1957年7月，划归钦北僮族自治县，分设黄屋屯、屯安、屯显3个乡。
次年秋，3个乡并入大寺公社。
同年11月15日，复划归钦县，设黄屋屯公社。
1984年9月，黄屋屯公社撤改为黄屋屯乡，属钦州市。
1989年9月，黄屋电乡复改为黄屋屯镇。
1994年10月，改属钦州市钦南区。