清朝时期，小董镇境域属钦州。
民国十九年（1930年），设小董镇及小董乡，属钦县。
民国三十年（1941年)，合并为小董镇。
1950年，改为小董乡。
次年春，分设12个乡（镇）。
1957年10月，12个乡（镇）合并为小董乡。
1958年秋，并入设小董公社。
1961年6月，分设小董、奇陵2个公社。
1963年春，2个公社合并为小董公社。
1984年9月，小董公社撤改为小董镇。
1989年，小董镇设16个村公所、1个居委会、37个村委会。