明嘉靖七年（1528年），置岜马土巡检司治今镇，隶田州，后废。
清朝，今巴马属地分属思恩、庆远2府和白色直隶厅。
民国二十三年（1934年）冬，置万冈县，治定马乡巴马圩，属白色行政监督区，辖定马、盘阳两乡。
民国二十九年（1940年）4月，改属第十行政督察区。
民国三十一年（1942年）3月，改属第五行政督察区。
1949年6月，改属第十二行政督察区。
1949年12月1日，万冈县解放，治巴马，属百色专区。
1953年4月23日，万冈县撤销，镇域归属东兰县第九区。
1955年9月21日，设立巴马瑶族自治县，治巴马街，属桂西族自治区百色专区。
1956年3月2日，巴马瑶族自治县改属桂西僮族自治州百色地区。
1958年，巴马瑶族自治县改属百色专区，下辖9个公社，镇域设红旗公社。
1962年，镇域属城关公社。
1964年，巴马瑶族自治县下辖8个区、1个镇、109个公社。
1965年5月18日，巴马瑶族自治县改属河池专区。
1971年，改属河池地区；次年7月，从城关公社划出巴马、巴发、巴廖、设长4个大队建立巴马镇。
2002年，巴马瑶族自治县改隶河池市。