石正原名“石窟”，原属程乡县（今梅县），明嘉靖四十三年（1564年）改属平远县至今。
明崇祯七年（1634年）石窟都改名为石正都。
清康熙二十二年（1683年）废都、堡建置，平远设15个乡，石正属其中一个乡，并一直保持到清末。
民国期间，石正先后划为平远县第六区、第三区和石正乡。
1949年5月，平远解放后，石正属第七区，辖7个村。
1950年3月，石正改属第四区。
1952年6月，平远、蕉岭合县时，石正属蕉岭第八区；1954年3月，平、蕉分县后，石正属平远县大柘区。
1956年12月，设立石正乡。
1958年9月，石正乡属大柘人民公社。
1961年1月，石正和大柘分为两个公社。
1983年12月，恢复区乡建制。
1986年11月，撤区建镇。
1999年3月，石正镇撤管理区办事处。