东晋成帝咸和六年（公元331年），从南海郡分东莞郡，辖宝安、兴宁、海丰、安怀、海安、欣乐等6县，郡治和宝安县治同在南头古城一带。
南朝（公元479-502年），东官郡迁至安怀县（今东莞境内）宝安县治仍在原东官郡城。
隋朝（公元581-618年），废东官郡，复置南海郡，宝安县（包括今东莞、珠海、港澳地区）改属南海郡管辖，县治仍设在原东官郡城。
唐朝至德二年（公元757年）历时426年之久的宝安县城也由行政中心转为海上交通门户和军事要塞。
唐朝开元二十四年（公元736年）设屯门镇，镇治设在南头。
宋朝（公元960-1279年），南头地区属广东广州路总管府。
明朝洪武二十七年（公元1394年），在南头设东莞守御千户所城（即今天的南头古城）明朝万历元年（公元1573年），从东莞县分部分地区立新安县（辖今深圳、香港等地），县名取“革故鼎新、转危为安”之意。
县治设在今南头古城。
清朝顺治-康熙年间，清政府为防反清将士郑成功，下令东南沿海禁海迁界（禁止出海、向内迁移界墙。
新安县两次共内迁80里），新安县被撤消，全县人口仅剩北部山区2172户。
南头古城除城墙外，城内房屋几乎遭遇拆毁，其建筑材料用于修建届墙。
清朝康熙八年（公元1669年）清政府在广东巡抚王来仁德再三奏请下复置新安县，县治仍设在南头古城。
民国三年（1913年），因新安县名与河南省新南县同名，故复名宝安县，治所在南头古城。
新中国成立后，1953年，宝安县人民政府从南头古城迁往深圳蔡屋围。
2001年设立南头城社区居委会，名称沿用至今。