深澳镇有古城之称，因自明万历四年（1576年）诏设协守漳、潮等处专驻南澳副总兵。
明清二朝历任正副总兵172任。
直至民国二十二年（1933年），深澳镇是南澳县城所在地。
1950年3月，成立深澳乡农会。
同年11月设深澳乡行政委员会。
1952年，成立深澳乡人民政府。
1958年9月，成立南澳县公社，深澳设管理区。
1961年，建立深澳公社。
1968年，并入云澳公社，改称深澳大队革命委员会。
1980年6月，拆出，改为深澳公社。
1983年，称深澳区。
1986年，置深澳镇。