南山村历史悠久，元至正二十年（1360），伍氏先祖从台山迁来建村。
清道光二十一年(1841)南山村属新会县潮连巡检司龙溪乡归德都二图辖村，清光绪三十三年(1907)改建南山乡，1952年11月，南山乡与麦园乡和金溪乡合并为南麦金乡，从新会县第二区划为新会县第四区辖，1956年南山并入麻园乡。
1958年10月成立外海人民公社麻园管理区南山大队。
1963年调整为外海人民公社南山大队。
1977年9月易名为江门市外海人民公社南山大队。
1983年称南山乡，1986年称南山村委会，1988年改为南山管理区，1999年撤区建村，改建为南山村民委员会，沿用至今。