南宋时，属古海乡。
明、清代称黄旗都。
民国元年（1912年）后，称第九区。
1949年11月，成立中山县第九区人民政府，驻大黄圃。
1950年4月，中山县第九区分出三角、浪网、民众组建第十区。
1953年3月，分设黄圃镇，成为中山县3个区级镇之一。
1957年2月，从大黄圃分出南头乡。
1958年10月，小黄圃和高黎从大黄圃分出划归顺德县。
1966年8月，从黄圃公社分出阜沙乡，成立阜沙公社。
1986年11月，撤区并镇，原黄圃镇与黄圃区合并为黄圃镇。