明清时期，南庄分为绿潭堡，鳌头、龙津、吉利堡和溶洲堡三个堡，分属南海县江浦司鼎安都和五斗口司西淋都（后“都”改称“司”）。
清康熙三十年（1691），江浦巡检司署由西樵简村移至龙津堡（今南庄龙津村腾涌）。
清乾隆五十年（1785），南庄分为绿潭、鳌头、龙津、吉利和溶洲堡，仍属江浦司和五斗口司。
清宣统二年（1910），南庄分为绿潭、溶洲、吉利、鳌头堡。
民国初期为紫罗澳、鳌龙吉、溶洲等乡，分属南海县第六区、八区、十区。
1927年，分属南海县第六区、八区以及第四区。
1946年，分属南海县第一区、四区以及第五区。
1949年11月起，属南海县第一支前指挥所辖区。
1950年3月起，属南海县第一区。
1950年底起，分属南海县第一区和七区。
1953年4月，分属南海县第一区和十二区，南庄村为十二区驻地。
1955年10月，改称沙冈区和南庄区，属南海县。
1957年撤区并乡，10月改称沙冈乡和南庄乡，属南海县。
1958年10月，成立南海县南庄人民公社，同年12月沙冈公社的溶洲、东元大队划归南庄公社。
1961年8月分为南庄、吉利、溶洲3个公社，1963年3月又合并称南庄公社。
1983年11月，撤社改称南庄区公所。
1987年2月，撤区改设南海县南庄镇。
2002年12月，隶属佛山市禅城区。