五代后晋天福三年（938），董氏迁移至此建村。
前属海阳县苏湾都。
明成化十三年（1477）属饶平县。
明嘉靖四十二年（1563）属澄海县苏湾都。
1921年废都设区。
1932年称董坑乡，属第五区（东陇）。
1946年唐陇、梅洲、董坑、仙门合称水南乡。
1949年属苏北区。
1951年属溪南区水南乡。
1953年梅洲、董坑合称梅洲乡。
1956年梅洲乡、埭头乡、塘陇乡合称塘陇乡。
1957年塘陇乡、梅洲乡、埭头乡、岱美乡合称水东乡。
1958年成立澄海县人民公社，属第一支队113团。
1959年设董坑生产大队，属溪南人民公社。
1984年1月设区建乡，设董坑乡，属溪南区。
1986年11月撤区置镇，设董坑村，属溪南镇。
1990年设董坑管理区。
1998年9月设董坑村，沿用至今。