明清时期，水口村隶属于石湾巡司署。
民国时期，隶属于博罗县第十二区礼义乡。
1952年，水口和上村合并为上水大队，隶属于博罗县第十区龙溪人民公社宁和小乡。
1958年2月，隶属于博罗龙华大乡。
1958年10月，隶属于长宁人民公社（罗浮山人民公社）。
1959年8月，隶属于铁场人民公社。
1978年5月，九潭片从铁场人民公社分出，成立九潭人民公社，上水大队隶属之。
1983年11月后，九潭撤社改区，上水大队改上水乡，隶属于九潭区。
1986年1月，九潭撤区设乡，上水乡解体，分别成立上村管理区、水口管理区。
1999年3月，成立九潭镇水口村民委员会。
2003年12月，九潭撤镇并入园洲镇，称园洲镇水口村民委员会至今。