肃州，战国至秦为月氏地，汉初为匈奴右地。
汉武帝元狩二年（前121年），设酒泉郡。
肃州区属酒泉郡管辖。
元鼎六年（前111年），境内设禄福、乐涫二县，隶酒泉郡。
王莽时期，改禄福县、乐涫县为显德县、乐亭县。
东汉改显德县、乐亭县为禄福县、乐涫县。
西晋改禄福县为福禄县。
东晋安帝义熙元年（405年），西凉王李暠迁都福禄县，历16年。
北魏初置酒泉军、乐涫戍，隶敦煌镇。
北魏孝明帝孝昌二年（526年），改酒泉军、乐涫戍为福禄县、乐涫县，隶酒泉郡。
北周将乐涫县并入福禄县，隶甘州。
隋文帝开皇三年（583年）置酒泉镇，隶甘州。
仁寿二年（602年）置肃州，领福禄县。
隋炀帝大业元年（605年）罢肃州，福禄县隶张掖郡。
隋恭帝义宁元年（617年）改福禄县为酒泉县。
唐高祖武德二年（619年）置肃州，领酒泉、福禄、玉门三县。
唐玄宗天宝元年（742年）改肃州为酒泉郡，辖酒泉、福禄二县。
唐肃宗干元元年（758年）改酒泉郡为肃州。
唐代宗大历元年（766年）后，肃州为吐蕃占据。
唐宣宗大中五年（851年），张仪潮收复肃州，归唐。
唐昭宗大顺元年（890）年，甘州回鹘占据肃州。
宋代肃州隶属西夏黑水镇燕军司管辖。
元初置肃州，元世祖至元七年（1271年）置肃州路。
明太祖洪武五年（1371年）置肃州，隶陕西布政使司。
洪武九年（1376年）置肃州卫，领左、中、右、前、后五所，辖境包括今肃州区、嘉峪关市、金塔县。
清世宗雍正二年（1724年）罢肃州卫，将肃州并入甘州府。
雍正七年（1729年）改为肃州直隶州。
1913年，改肃州直隶州为酒泉县，隶安肃道。
1936年，隶甘肃省第七区行政督察专员公署。
1949年10月，酒泉县人民政府成立，隶酒泉分区行政督察专员公署。
1955年10月，酒泉县隶属张掖专员公署。
1958年12月，酒泉县、金塔县合并建立专区级酒泉市，隶属甘肃省人民委员会。
1961年12月，撤消专区级酒泉市，设县级酒泉市，隶属酒泉专员公署。
1964年11月，改为酒泉县，隶属酒泉专员公署。
1978年12月，隶属酒泉地区行政公署。
1985年5月，改为县级酒泉市。
2002年9月改为肃州区，隶属地级酒泉市，并沿用至今。