祁丰藏族原居西康，元时征战到祁连山北麓，后变兵为民定居此地，史称东乐克（东纳）部族。
1949年以前，属酒泉县管辖。
1954年，划归肃南县，改称祁丰区。
1971年，将祁丰区所辖祁连、祁林2公社划归酒泉县，祁青、祁文2公社划归嘉峪关市，区制撤销。
1972年，复归肃南县辖，并恢复祁丰区，辖祁林、祁连、祁文、祁青4乡13行政村。
2004年11月，全县进行行政区划调整，撤销祁丰区，将原辖4乡合并为祁丰藏族乡。