1955年11月，鸭浴沟、牟家庄、张家肴乡三个乡合并为药王洞乡，药王洞村隶属于药王洞乡。
1958年4月，药王洞乡并入城关乡，药王洞村隶属于城关乡；同年9月，樊家庙、肖原、城关三个乡合建为庆丰人民公社，药王洞村改称药王洞大队隶属于庆丰人民公社。
1962年2月，庆丰人民公社改名为城关公社，药王洞大队隶属于城关公社。
1965年2月，组建莲池公社，药王洞大队隶属于莲池公社。
1968年2月，成立城关镇革委会，3月，成立莲池公社革委会。
1979年12月，药王洞大队从莲池公社析出划归城关镇。
1981年7月，城关镇革委会改名为城关镇人民政府，药王洞大队改称药王洞村民委员会属之。
1985年1月，城关镇人民政府改名为庆城镇人民政府，药王洞村民委员会隶属于庆城镇人民政府至今。