成立于1953年，行政区划调整后，称张掖县梁家墩乡清凉寺大队，1958年撤县建市，称张掖市梁家墩乡清凉寺大队，1961年恢复张掖县，称张掖县梁家墩乡清凉寺大队。
1962年改为梁家墩公社清凉寺大队，1967年文革期间更名为先锋公社清凉寺大队，1970年6月恢复为梁家墩公社清凉寺大队。
1983年11月更名为梁家墩乡清凉寺村民委员会，1997年10月撤乡建镇，称张掖市梁家墩镇清凉寺村民委员会，2002年7月张掖市撤市成立甘州区，更名为甘州区梁家墩镇清凉寺村民委员会至今。