肃州庙村前身为肃州庙村和肃州堡村。
肃州庙村土改时属四区二乡二行政。
1955年成立星光和潘家桥两个初级社。
1956年并为星光高级社。
1958年为敦煌人民公社河西大队二中队。
1961年为潘家桥、肃州庙两个大队。
1966年并为东风大队。
1969年更名为肃州庙大队。
1983年3月改置村。
肃州堡村在清雍正年间，从肃州（即现在酒泉市）迁入移民。
因该村建有一堡子，肃州堡由此得名，后村以堡名。
土改时属四区二乡三行政。
1955年成立肃州堡初级社。
1956年扩建为肃州堡高级社。
1958年为敦煌人民公社河西大队二中队。
1961年为肃州堡大队。
1966年更名为东方红大队。
1969年恢复原名。
1983年3月改置村。
2007年1月省入肃州庙村。