紫云原属宁德县青田乡东洋里十七都。
民国24年（1935年）6月，周墩特种区周墩联保。
民国29年1月，周墩镇设紫西保（含官司、西坑）。
民国34年8月，隶周宁县狮城镇设支山保（含吴山底）。
民国37年，改设紫溪保（含吴山底、溪坪、东升）。
1950年4月，隶周宁县第一区（端源区）源头乡。
1952年9月，隶一区溪坪乡。
1955年9月，隶端源公社设紫云乡（含吴山底）。
1958年3月，紫云、吴山底合并为紫云乡，隶浦源区。
1966年8月，改称紫云大队，隶浦源公社。
1980年，析出吴山底大队。
1984年8月，隶浦源乡设紫云村民委员会。